A beavatkozás során az anya hasfalán keresztül vékony tűvel a méh falán és a magzatburkon keresztül 15-20 ml magzatvizet szívunk ki.
A beavatkozás vagy folyamatos ultrahang ellenőrzés mellett történik, vagy előzetes ultrahangvizsgálat során választjuk meg a tű optimális behatolási helyét. A magzatvízben lévő sejtek kizárólag magzati eredetűek és ennek megfelelően a magzatra jellemző valamennyi genetikai információt hordozzák. A legtöbb vizsgálathoz ezeket a sejteket előbb tenyészteni kell, így az eredmény elkészüléséhez mintegy 3 hét a várakozási idő. Esetenként előfordulhat, hogy a sejtek tenyésztése eredménytelen, ilyenkor a beavatkozás megismétlése szükséges. Kivételes esetekben a magzatvízsejtek tenyészetében végzett vizsgálat nem nyújt egyértelmű eredményt és csak közvetlenül a magzati vérből végzett vizsgálat dönthet.
A genetikai célzatú amniocentézis általában a 16-18. terhességi hetek között történik. A beavatkozás minimális mértékben, mintegy 0,5%-kal emeli a vetélés kockázatát, és a fájdalom amivel jár, kb. megfelel egy izomba kapott injekció által kiváltott fájdalomnak.
